朝鲜开化党成立于光绪七年（1881年），成员以朝鲜年轻的士族为主，领头的人物有金玉均、洪英植和朴泳孝等人。他们受日本明治维新影响，打算借助日本力量实施开化改革，推翻朝鲜守旧势力，摆脱与清朝的宗藩关系，被称作“开化党”。金玉均和朴泳孝等人都是有名的“亲日派”。他们先后去过日本，与日本有着密切的联系。而日本为了控制朝鲜，也一直在暗中支持开化党。
光绪十年（1884年）十一月间，以金玉均为首的开化党人制定了一项秘密政变计划，打算推翻朝鲜守旧派的统治。他们与日本驻朝公使竹添进一郎进行密谈，得到支持。12月4日，时任朝鲜邮政大臣的洪英植借邮政局举办开业典礼之机，遍邀王公大臣和各国使节出席宴会。当天晚上，受邀贵宾纷纷莅临，唯独日本公使竹添没有到场。这一情况让人感到意外，事后联想起来方知不是偶然，而是有预谋的。
宴会开始后，本来一切正常，可不久便发生了意外。邮署房内突然起火，正在出席宴会的禁卫军大将军闵泳翊闻报出外察看，早已埋伏在院内的伏兵突发而起。接着，枪声大作。伏兵与卫队发生交战。闵泳翊被砍伤，慌乱中向宴会厅逃去。看到闵泳翊满身是血地跑进来，宴会厅内一片大乱。守旧派大臣一哄而散，四处奔逃。这时，另外一路开化党已经冲向王宫。他们从日本使馆获得枪支弹药，而事先安排好的内应也在宫内四处放火，制造爆炸。之后，金玉均等带人乘乱冲入宫禁，挟持国王李熙，谎称清军作乱，请求日军保护。早已做好准备的日本军队立即出兵占领景佑宫。动乱中，十数名守旧派大臣被杀，其中包括闵氏家族成员闵泳穆、闵台镐等。
政变发生后，朝鲜国内立时大乱。拥戴国王和闵妃的势力纷纷起兵勤王，并向清军求援。一些大臣来到庆军军营，“匍匐辕门，抚告哀衷”。清政府的态度相当明确，因为这场政变的矛头是指向中国的，绝对不能允许。朝廷指示留驻朝鲜的庆军统领吴兆有和会办朝鲜防务的袁世凯迅速带兵平息叛乱。六日黄昏，在接到国内指令后，吴兆有与袁世凯率领两千多庆军开赴王宫。在出发前，他们还特地向日本公使发出照会，说明清军将入宫保护国王。
清军出动的消息使朝鲜军民大受鼓舞。许多军民随同前往，高声欢呼。一时间，声势浩大。此时，占领王宫的日本兵并不多。从兵力上讲，清军绝对占优势。但为避免与日军发生冲突，吴兆有还是先派员与日方交涉，要求他们撤军，可日方拒不接受，相反不许清军靠近。对峙间，日军突然开枪射击。面对挑衅，吴兆有患得患失，难下决断。一来，他担心还击会伤及国王；二来，他也怕事情闹大了，引发外交事端，无法收拾。眼看事态进一步恶化，袁世凯急了。他向吴兆有分析形势，晓以利害，认为不能再犹豫了，必须马上还击。他说，朝鲜开化党暗通日本，蓄谋已久，他们借助日兵攻占王宫，目的就是要逐王别立，实现亲日远华之阴谋。刻下日军兵力单薄，此时不动，更待何时？
然而，吴兆有还是举棋不定。袁世凯按捺不住，声称战机不可失，有罪在我。于是下令还击。日军退守宫门，袁世凯率数十人发起进攻。据袁世凯的儿子袁炳文说，当时日军向袁世凯开枪，多亏一卫兵眼疾手快，将其推开，结果袁世凯幸免于难，而他身后的卫兵却中弹倒地，一命呜呼。尽管险象环生，但袁世凯并不畏惧，依然“前立不却”，继续指挥部队冲向宫门。眼看战火已燃，吴兆有无路可退，便下令全军投入战斗。由于清军兵力占优势，日军渐渐不支。战斗中，金玉均等开化党首领也纷纷从宫内跑出助战，试图挽回劣势。一片混乱之中，朝鲜王被挟持至城北关帝庙，后被清军迎出并保护起来。此后，清军大举进攻，枪炮齐发。日军抵挡不住，被迫退出王宫，撤向仁川。之后，清军突破王宫，势如破竹，“敌之死伤，市巷枕藉，搜戮叛党，国乱乃定”。在动乱中，开化党首领洪英植等人被杀，金玉均、朴泳孝等逃往日本。光绪十年（1884年），旧历甲申，这一事件在中国史书上被称作“甲申之役”。
甲申之役使日本图谋朝鲜的阴谋又一次泡汤了，而袁世凯在此役中的表现再一次赢得了喝彩。如果说壬午之变他还笼罩在吴长庆的光环下，那么这一次他临危不乱、扶危定顷则在国内得到普遍的赞誉。这也为他日后向上晋升积累了重要的资本。
当然，袁世凯在壬午、甲申两次事变中的表现也使日本人对他衔恨至深。甲午战争爆发前，日本公使大岛圭介就下令务必捉拿袁世凯，以报甲申之仇，后因袁世凯装病潜逃，才躲过一劫。
甲午之战后，负责与中方交涉的日本代表伊藤博文有一次与李鸿章谈到袁世凯，称他是“中国有数人物”，还提醒李鸿章“爱他则重用之，不爱他则杀之”。这段谈话事后见诸报端，袁世凯名声大振。就连袁世凯本人也沾沾自喜，掩饰不住地得意说：“惟有仇人夸奖，身价顿增十倍。”
应该说，朝鲜十二年对袁世凯有着重要意义。这是他崭露头角之地，也是他宦海浮沉的开始。然而，真正让他登上权力巅峰的却是小站练兵。
小站练兵是晚清重要事件，它是中国军队由旧军向近代化转变的一个开始。中日甲午之战，清军以惨败而告终。勇营旧军不堪一击，所谓中兴名将的神话以及人们对旧式军队所抱的幻想统统破灭了。一时间，改练新军之说大盛，朝野上下一片“整军经武，以救危亡”的呼声。在这种情况下，清政府不得不改革军制，遂有小站练兵。
小站乃地名，位于天津和大沽之间，原为退海之地，同治之前尚属荒芜之地，后淮军屯兵于此，陆续修建道路和驿站。由于这里是大沽以西第五个驿站，习称小站。早在甲午之战进行时，广西按察使胡燏棻便受命在此训练定武军，袁世凯接受督练新军的任务后，便接管了这里，拉开了小站练兵的序幕。
甲午战败后，李鸿章开始失势，袁世凯顿失靠山。从朝鲜回来后，他一度被留在督办军务处当差，风光早已不再。他在致其兄世敦的信中抱怨道：“弟自韩归国，除二三挚友外，余都白眼相加。”不过，袁世凯并不甘心就此结束自己的政治生涯。他很快背着李鸿章秘密进京，四处活动。为了讨好朝中新贵，也为了划清与李鸿章的界线，他开始落井下石，到处放李鸿章的坏水，诋毁他的对日政策如何软弱；从朝鲜撤军如何错误；而战事发生前，他又如何延误战机迟迟未能增兵，等等。在贬损李鸿章的同时，他也没忘了抬高自己，声称自己如何有先见之明，如何提出有识之见，如何忧心如焚，函电交驰，但李鸿章不仅不支持，反而处处压制，使他无法开展工作。为了更有力地说明问题，他还把几个月来与李鸿章等各方面的来往文电、摘要抄了数十份，装订成册，密呈京中要员。袁世凯在做这一切时都是背着李鸿章秘密进行的，以至于很长时间里李鸿章都蒙在鼓里。后来有人指责袁世凯忘恩负义，全然不顾李中堂的提携之恩，可袁世凯却不以为然。因为对他来说，此时的李鸿章已经成了死老虎，变得无足轻重，而他要做的是尽快撇清自己与李鸿章的关系。
这一着果然有效。不久袁世凯便找到了新的靠山。这个靠山便是军机大臣李鸿藻和荣禄。1895年4月，丧权辱国的《马关条约》签订，朝野上下要求改革的呼声变得越来越强烈，而军事改革则首当其冲。不久，清政府决定组练新式陆军，消息灵通的袁世凯便多方活动，并很快达到了目的。光绪二十一年（1895年）十月，军机处上奏保荐袁世凯出任督练新军的重任。在奏折中，督办军务王大臣对袁世凯评价颇高，中有“浙江温处道袁世凯，朴实勇敢，晓畅军机，前驻朝鲜甚有声望”等语。奏折上去后，批复当天就下来了。谕云：“据督办军务王大臣奏，天津新建陆军请派员督练一折，中国试练洋队，大抵参用西法，此次所练系专仿德国章程，需款浩繁，若无实际，将成虚掷。温处道袁世凯，即经王大臣等奏派，即着派令督率创办，一切饷章，着照拟支发。该道当思筹饷、变法匪易，其严加训练，事事核实，倘仍蹈勇营习气，惟该道是问。懔之！慎之！”
这道谕旨，对于小站练兵是具有历史性的；对于袁世凯来说，也是具有历史性的。据曾在北洋军中出任高级军职的张联棻回忆说，袁世凯最初在小站练兵时，规模并不算大，新建陆军总数不过七千人，但由于当时我国缺乏军事人才，随着腐朽的绿营兵的淘汰，新建陆军就成了一支异军突起的武装。不久，袁世凯又以新建陆军为基础扩编北洋六镇，所有的高级军官都出自小站。以后，随着北洋军力量的扩张，小站出身的军人就布满了全国，无形之中形成了以袁世凯为首的北洋军阀集团，为以后袁世凯篡夺政权打下了基础。
应该说，小站练兵成就了袁世凯，也成就了一个汉人统帅。枪杆子与印把子从来就是连在一起的。小站练兵使袁世凯牢牢地抓住了兵权，而凭借手上的兵权，他也开始一步步攀上了权力的巅峰。
光绪二十四年（1898年），戊戌变法发生。随着变法的深入，帝后两党开始尖锐对立。9月间，形势骤然紧张。一时间，流言四起，说是太后要借天津阅兵，废皇上为庶人，另立年幼的端王之子，并由太后训政。早在这之前，太后已有懿旨，任命荣禄署直隶总督，节制驻扎的近畿陆军聂士成、董福祥和袁世凯部。此举目的当然再明白不过，就是要控制近畿部队，以防范帝党。
西太后的举动使帝党感到大为不安。为了保全光绪，确保变法成功，维新派认为必须争取军队的支持。在当时驻扎近畿的三支军队中，他们进行了比较分析。康有为原先想用驻扎芦台的聂士成，但被认为并不可行。林旭主张用董福祥，而谭嗣同则力主用袁世凯。两人为此还产生了分歧。林旭当时有诗云：
愿为公歌千里草（董），
本初（袁）健者莫轻言。
这首诗是林旭写给谭嗣同的，诗中流露出对袁世凯的不信任。可后来谭嗣同的主张还是占了上风。因为这一主张得到了包括康有为在内的大部分维新人士的支持。于是，最后的宝便押到了袁世凯身上。
为了拉拢袁世凯，在政变发生前，光绪皇帝曾两次召见过袁世凯。第一次是9月16日（八月初一）。这次召见“为时颇久，所言皆系国政腐败，必须极力推行新政之语”。谈话进行到最后，光绪问袁世凯：“如果我交给你统领军队的职责，你能忠于朕吗？”袁世凯答：“臣当尽力报答皇上之恩，一息尚存，必思效枕。”于是，光绪皇帝为之欣然，随即下了一道谕旨，越级提拔袁世凯为侍郎候补。
第二次召见是在9月20日（八月初五），即政变发生前一天。这次召见是袁世凯离京前向光绪皇帝请训。关于此次召见的内容，有关史料出入较大。一种说法是，光绪在与袁氏谈话时，面付朱谕，令他回天津，先到天津督署内抓荣禄，然后星夜带兵入都，围颐和园，软禁太后。为了袁氏执行命令方便，光绪还特地赐他一支小箭，以作凭证。
另一种说法是，那次召见为时较短，光绪只是对袁说：“你练兵甚好，以后可与荣禄各办各事。”这句话听上去似乎别有深意，好像暗示袁世凯，他的军队可以不听荣禄的指挥，至于面授朱谕，杀荣围园，皇上并未说到。
对以上两种说法，袁世凯自己说法不一。他曾公开表示皇上没有面付朱谕，而在给其兄世勋的信中又有“面见皇上，授于密诏”之句。究竟哪一个是实话，不得而知。
至于皇上两次召见，一般认为这是维新诸臣刻意安排的结果。他们是想让袁世凯明白，这件事是有皇上支持的，他尽可放手去干。而对袁氏来说，短短几天竟两次蒙召，实为难得的殊荣。不过，此时的袁世凯也处在风口浪尖，何去何从，必须做出抉择。然而，这个抉择并不轻松。从种种资料分析，袁世凯当时的心情颇为复杂。面对帝后两党，这种站队事关重大，一旦站错了则万劫不复。
9月18日（八月初三）夜，即皇上两次召见袁氏之间，谭嗣同曾来袁世凯下榻的法华寺，与他进行了一次重要的谈话。据袁世凯《戊戌日记》说，这次谈话的要点是，谭嗣同要求袁世凯率兵救驾，杀荣禄，围颐和园。
谭嗣同说：“皇上有大难，非公不能救。”接着又说：“我想初五奏明皇上，让你初五请训，到时面付朱谕一道，令你带本部兵马开赴天津，见到荣禄，即出朱谕宣读，就地正法。然后，让你代直隶总督，传谕僚属，张挂告示，布告荣禄大逆罪状，并封锁电局、铁路，迅速入京，派一半兵马围颐和园，一半兵马守宫，大事可定。”
然而，袁世凯对谭的说法并不认可。因为他手中的新军只有七千余人，而京津董福祥部、聂士成部，加之淮练各军七十多营及北京神机各旗营，力量对比悬殊。哪能那么轻易就“大事可定”？但谭嗣同是皇上身边的近臣，他也不能得罪，只好虚与委蛇，推托说：“此事关系重大，不能草率决定。再说你今夜请旨，皇上也未必允准。”
谭嗣同说：“我自有挟制之法，皇上不能不准。”
事后，袁世凯在给其兄世勋的信中曾说，当我听谭嗣同说到“挟制”二字，立时“不寒而栗”。为何如此？因为挟制，便有强迫皇上的意思。皇权时代，这种事可是大逆不道，一旦败露后果不堪设想。袁世凯当然感到害怕。
后来，谭嗣同为了给袁世凯打气，便拿出了皇上9月14日的密诏给袁世凯看，这更加重了袁的疑惑：一是密诏未用朱笔，而是黑笔所书；二是诏中并没有杀荣围园的意思。对此他提出质疑，谭嗣同解释说，朱谕现在在杨锐手中，这份是林旭抄给他看的，原诏中杀荣围园都写得很明确，云云。
袁克文在《三十年闻见行录》中写道，谭嗣同拿出密诏后，他父亲袁世凯起初沉吟了一下，谭嗣同忽然站起，自袖中掏出短枪指着袁世凯问：“公肯奉诏吧？如肯，望立行，不肯也快说，为什么迟疑？”
说这话时，谭嗣同语调严厉，目光逼人。袁世凯并不慌张，微笑而答：“帝诏怎敢违？不是我迟疑，实是在考虑如何执行。”
谭嗣同听了这话，脸色和语气便和缓下来，也笑道：“我知公忠贞，必无他志。刚才是试公胆量，果然真豪杰也！盼速奉诏行事，免生他变。荣禄这个逆贼奸滑，千万不能被他察觉。大事定后，公富贵不可量也！”
最后，谭嗣同提出与袁世凯共同盟誓。袁世凯从之，两人北向而拜，共同盟誓。
以上文字简直就像一部惊险小说。袁克文为文多夸张，且意在为其父涂脂抹粉。不过，从诸多材料看，袁世凯那天夜里并未拒绝谭嗣同的请求。据《南海康先生传》中说，当谭提到杀荣禄时，袁世凯说：“杀荣禄如一死狗耳！”不过，在具体行动办法上，他提出自己的兵马都在小站，离京二百多里，行动起来，恐走漏风声。他说，最好的办法是，天津阅兵时，皇上驰入我营，我便可以名正言顺诛讨逆臣。
袁世凯这样说，实际上是在应付谭嗣同。事后袁世凯也不否认。他说，谭嗣同是天子近臣，不能得罪，当时只能“多方应付”，先把他支走。9月20日（八月初五），即谭嗣同来访的第二天，在向光绪请训之后，袁世凯已经没有时间再犹豫了。他必须做出抉择，要么站在皇上一边，要么站在太后一边。现在，最重要的问题是，必须弄清楚谁是最后的胜利者，而且不允许有丝毫偏差。这是一场真正的赌博，一场拿性命作筹码的赌博。经过反复权衡，他最后把赌注下到了太后一边。接下去便发生了告密的事。
关于告密，袁世凯自己有两种说法：
其一，是袁世凯的日记。他说，初五日请训，退下即赴车站。抵天津时日已落，即前往谒荣相（即荣禄），略述内情。这时叶祖珪（原靖远舰管带）等人先后来访，只好约以明早再详谈。次日，他把详情告之荣相。荣相失色，大呼冤枉。是晚，荣相找他去，出示训政之电，方知政变已经发生了。
从日记看，袁世凯初五回津见到荣禄，但向荣禄告密却是在初六。而在初六这一天，政变已经发生了。也就是说，政变并非由他告密所致。
其二，是袁世凯致其兄世勋的信。在信中，他说接旨后颇觉进退两难，不奉诏是欺君逆旨，若提兵软禁太后，是助君为不孝，逮捕荣相，是以怨报德。终夜彷徨。此种重大机密又不能与幕友磋商，直至天明，决意提兵入京，见机而行。及抵京师，屯兵城外，孑身入宫，面见皇上，授余密诏，捕拿太后羽党，荣相列首名。余只得唯唯而退。行近宫门，正遇荣相入宫，拦路问余带兵来此何事，弟被逼辞穷，只得以实情详告。荣相立带弟入颐和园面奏太后。此非弟之卖君求荣，实缘荣相是余恩师，遂使忠君之心被天良所战胜，断送维新六君子之生命，弟之过也。
以上两种说法，前后自相矛盾。显然，袁世凯并没有说真话。他始终在为自己开脱，结果前后不一，难以自圆其说。
不过，据台湾学者黄彰健研究认为，袁世凯告密是实，但政变并非由他告密所致也是事实。虽然袁世凯辩解称，他是初六向荣禄报告详情，这一说法可能有假，因为这么重要的事他不可能拖到第二天才报告。但是，政变发生当日，即初六日，太后下的第一道命令是捉拿康有为、康广仁等，而且罪名是“结党营私，莠言乱政”。直到三日后，即初九日才下令捉拿策动袁世凯、杀荣围园的谭嗣同。由此推断，太后在政变当天可能还不知道“杀荣围园”之事，否则不会拖至初九日才下令捉拿谭嗣同。因此，政变初六日爆发很可能是太后预定的行动，而与袁世凯告密无关。此说不无道理。
然而，不论告密在前还是在后，告密却是事实，这一点无法改变。尽管在光绪二十四年（1898年）这场豪赌中，袁世凯赢得前途，却失去了道义。这件事在以后很长时间里，成了他的一块心病。他在不同场合里反复为自己辩解，而且每一次的说法都有出入，据说他还修改过他的日记。这样做的目的是想把自己从耻辱中解脱出来，结果适得其反，越抹越黑。
光绪二十五年（1899年），在荣禄的保荐下，袁世凯升任山东巡抚。这个结果与他戊戌告密，获得荣禄信任不无关系。几个月后，庚子事变发生了，八国联军打入中国，驻扎在京津一带的清军主力尽数崩溃。荣禄统领的亲兵被消灭，聂士成战死，董福祥溃败，马玉昆和姜桂题的部队也溃不成军。这时候，偏安山东的袁世凯却因祸得福。由于远离战场，他统领的北洋陆军得以完整保存，转眼间便一跃成为清帝国的“第一武装”。
庚子事变的次年，光绪二十七年（1901年）十月，袁世凯再次荣升，当上了直隶总督。在此期间，他一再扩军，把原先仅有七千余人的北洋新军先后扩建成六个镇，号称“北洋六镇”。袁世凯的权力越来越大，地位也越来越显赫。到了光绪末年，他除了直隶总督这个显要的职务外，还兼差八项：参预政务大臣、督办山海关内外铁路大臣、政务大臣、北洋通商大臣、督办天津至镇江铁路大臣、督办电政大臣、会办练兵大臣和督办商务大臣。号称“八大臣”，其炙手可热，已无人可比。
随着地位的显赫，危机也越来越大。由于袁世凯的势力增长，已经打破了朝中各方势力的均衡，甚至威胁到亲贵的利益。于是，各方群起而攻。言官交章纠弹，接连不断。御史王乃征在弹劾奏章中指出：袁氏大权在握，举国兵权集于一身，权力已超越户部和兵部，“既历史所未有，亦五洲所不闻”；“其爪牙布于肘腋，腹心置于朝列”，又有庆亲王从中援手，“枝重有拔本之嫌，尾大呈不掉之势”。大名鼎鼎的梁鼎芬更是措辞激烈，在弹章数落袁世凯“权谋迈众，城府阻深，能谄人又能用人，自得奕劻之助，其权威为我朝二百年满汉疆臣所未有，引用私党，布满要津”。最后他还表示，拼死也要弹倒袁氏，自己“但有一日之官，即尽一日之心，言尽有泪，泪尽有血。奕劻、袁世凯若不悛，臣当随时奏劾，以报天恩”。这一来，终于把慈禧这个本来就疑心甚重的女人也弄得疑神疑鬼起来。
《遐庵遗稿》记，有一次西太后召见袁世凯，问他新官制为何迟迟未定，袁回答说各方阻力甚大。太后说：“这怕什么？你有的是兵，不会杀他们吗？”袁世凯听了这话，顿时吓得汗流浃背。这些虽系小事，但从中可见慈禧太后已对袁世凯有所猜忌。尽管从表面上看，袁世凯那段日子尊宠已极，风光无限，但高处不胜寒，他已感到危机四伏，如履薄冰。
光绪三十三年（1907年）七月，一道谕旨将袁世凯内调军机处。军机处是清代最高权力机构，汉人能做到军机大臣便是登峰造极，但袁世凯心里并不高兴，因为官虽升了，实权却没有了，尤其是他苦心孤诣经营多年的北洋军队也被迫交了出去。然而，这还不算是最坏的结果。光绪三十四年（1908年）秋，光绪帝和西太后先后驾崩，于是，一场真正的噩运终于降临到了他的头上。
公元1908年12月2日，宣统皇帝溥仪登基后，除掉袁世凯的计划便在暗中进行起来。关于这段历史的记载，各种传闻和说法很多，虽然基本事实大致相同，但细节上出入很大。
袁世凯被罢是在公元1909年1月2日。铁良（时任陆军部尚书）之子穆瀛回忆说，他听他父亲讲，那天讨论办袁时，隆裕太后单独召见军机领班奕劻，当时摄政王载沣在一边。奕劻入内后，太后拿出先帝手敕，要求严办袁世凯。庆王伏地不语，太后发火道：“你不说话，是何意？”奕劻赶紧奏道：“请召汉大臣议。”接着又说：“张之洞在值未退。”
太后很不高兴，便斥退庆王，把张之洞召了上来。张之洞向与袁氏不和，太后本以为他会同意办袁，没想到张之洞并没这样做，反倒主张幼主刚刚登基，时局艰难，此时诛杀前朝重臣，恐不利于社稷，不如改为驱逐出京。太后默许，遂有袁世凯回籍养疴之谕。
穆瀛回忆中提到的那份“先帝手敕”，据说是光绪皇帝临终前留下的密诏。他在驾崩前一天晚上交给隆裕太后，隆裕一直藏在身上，秘而不宣，直到宣统登基后才拿出来交给摄政王。据说这份密诏长约三百字，开头是“朕醇贤亲王之长子也，后有袁世凯罪恶昭著，擢发难数，即应斩决”云云。
这种说法流传甚广，但密诏是否存在，一直是个悬案。因为谁也没有见过，就连摄政王载沣之弟载涛也无法证实。他在回忆中说，至于传闻之说，如光绪临危拉着载沣的手，叫他杀袁世凯，又如隆裕面谕载沣杀袁给先帝报仇等等，载沣生前并没有向他说过，或许是他保密的缘故。因此，是否真有其事，他也无从判断了。
不管密诏是否存在，但光绪帝忌恨袁世凯却是事出有因。戊戌年，袁世凯背叛了光绪帝，从而导致百日维新失败，光绪也被囚瀛台凄惨而终。这种仇恨不共戴天。何况还有一种说法，说光绪帝的死也与袁世凯有关，是他在药中做了手脚，害怕光绪死在太后之后遭到报复。这种说法同样没有证据，让人真假难辨。
据宣统皇帝溥仪回忆，他曾听见一个叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案。照他说，光绪在死前一天还是好好的，只是因为用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凯使人送来的。据内务府某大臣的一位后人告诉他，光绪死前不过是一般感冒，他看过那些药方，脉案极平常，前一天还有人看到他像好人一样，站在屋里说话，所以当人们听到光绪病重的消息时都很惊讶。更奇怪的是，病重消息传出不过两个时辰，就听说已经“晏驾”了。因此溥仪说：“总之光绪是死得很可疑的。如果太监李长安的说法确实的话，那么更印证了袁、庆确曾有过一个阴谋，而且是相当周密的阴谋。”
溥仪作为皇帝，也对这种传闻半信半疑，可见光绪死于谋害的说法影响不小。因此，无论从戊戌旧案，还是从害死光绪的嫌疑来说，处死袁世凯都在情理之中。然而，尽管隆裕太后和摄政王载沣有意杀掉袁世凯，但袁世凯最终还是逃脱一死。其中原因很多。最为盛行的说法便是张之洞保奏的结果，诸如上边穆瀛所说。另据胡嗣瑗（曾任翰林院编修）言，他曾见过内阁旧档。原来处置袁世凯的谕旨中用朱笔写有“居心叵测，着拿交法部严讯”等语，但旁边有人用墨笔旁注为“以足疾放归”。这墨笔旁注者便是张之洞。但这类说法并未得到张之洞本人的证实。后来，有人向张之洞求证此事，“张亦不明言”。
还有一种说法认为，袁世凯幸免一死，是时任军机大臣世续“力争”的结果。据说世续在隆裕太后和摄政王载沣召见时，极力为袁世凯说情，从而使袁“仅得开缺回籍”的处分。
当然，有保袁的，也有要杀袁的。极力主张杀袁的有肃亲王善耆、镇国公载泽和恭亲王溥伟。他们都力主坚决干掉袁世凯，否则养痈遗患，后害无穷。当然，隆裕太后和摄政王一开始也是赞成的。溥仪回忆说，当时摄政王为了杀袁世凯，曾想照学一下康熙皇帝杀大臣鳌拜的办法。康熙的办法是把鳌拜召来，赐给他一个座位，那座位是一个只有三条好腿的椅子，鳌拜坐在上面不提防给闪了一下，因此构成了“君前失礼”的死罪。帮助摄政王制定这个计划的是小恭亲王溥伟。溥伟有一柄咸丰皇帝赐给他祖父奕